某艦隊兩棲偵察兵正在訓練場上練習格斗，雪亮的匕首和陣陣殺聲吸引了艦隊子弟學校的三個男孩。為首的董海星翻墻而過，企圖竊取匕首，結果被一個海軍軍官“俘獲”。次日，白鷗老師向五年級二班的同學介紹新來的輔導員梁馳濤，董海星認出他原來就是那個“仇敵”。一天晚上，熄燈號吹過之后，五(2)班的男生宿舍里依舊燈火通明，一場“海戰”正在激烈地進行。輔導員梁馳濤來到了“戰場”，嚴厲地批評了這些違紀的“水兵”，受到處罰的董海星對梁馳濤更加不滿了。董海星、謝潛和金寶貝是“特混艦隊”的領袖，并自封為“將軍”。一天，他們在鯊魚礁附近無意聽到一種奇特的聲音，“小將軍”們決定要查它個水落石出，并稱此為“鯊魚行動”。他們用小錄音機錄下了海底怪聲，分析后認為是沉船發出的。上旗語課時，白老師將董海星的錄音機沒收了。梁馳濤仔細了解情況后把錄音機還給了董海星，為此，三個“小將軍”認為輔導員夠意思，“仇恨”開始減退。一天，“小將軍”們又一次來到鯊魚礁，金寶貝自告奮勇潛入水中尋找沉船，卻半天不見上來，董海星和謝潛急呼救命，梁馳濤聞訊趕來跳入海中，救出了金寶貝。一股敬仰之情在“小將軍”的心里油然而生，梁馳濤也深深地愛上了這幾個小搗蛋。由于把精力都花在了“鯊魚行動”上，董海星在期中考試時“觸礁”了，考場上他用旗語向金寶貝求救，被寧娜告發。董海星氣壞了，三個“小將軍”一起用一盆洗衣粉水“懲罰”了這個“女問諜”。在老師和輔導員的幫助下，“將軍”們懂得了，一個真正的男子漢必須珍惜友情，有大海一樣的胸懷。梁馳濤就要離開五(2)班去執行新的任務了，孩子們難過極了，他們費盡心思想要留住輔導員，但卻無濟于事。孩子們深情地唱著《水兵之歌》，送走了他們的艦長。授旗儀式開始了，五(2)班被授為“特混艦隊”班，全班同學身穿水兵服威武地站在導彈驅逐艦上，“特混艦隊”的藍旗在桅桿上高高飄揚。