1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區(qū)的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發(fā)出幪面超人系統(tǒng)，投入戰(zhàn)場與WORM展開激戰(zhàn)，時間就在這場戰(zhàn)爭中渡過了七年。                                    
                               　　2006年，在這個沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEO ZECT，而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現(xiàn)，令戰(zhàn)局產生極大變化。                                    
                               　　ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，於是提出「天空之梯子計劃」，於大氣層的太空站設置巨型CLOCK UP機器，製造轉移空間把彗星拉往地球，製造出莫大的水源。透過這個計劃，ZECT的權力就會越趨龐大，足以支配地球。                                    
                               　　ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發(fā)動「天空之梯子計劃」，而從天道手上得知這項情報的NEO ZECT，亦決定搶奪這個計劃，壓抑ZECT繼續(xù)增大權力。                                    
                               　　為了組織而戰(zhàn)的ZECT戰(zhàn)士大和鐵騎與矢車想；                                    
                               　　為了自由而戰(zhàn)的NEO ZECT戰(zhàn)士織田秀成和風間大介；                                    
                               　　為了最愛的日和而戰(zhàn)的加賀美新，還有目的完全不明的天道總司；                                    
                               　　以及身份神秘的黃金假面騎士。                                    
                               　　在各人思想交錯的漩渦中，假面騎士的戰(zhàn)鬥已延伸到浩瀚宇宙…